El FBC Melgar fue fundado un 25 de marzo de 1915, por iniciativa de un grupo de jóvenes arequipeños reunidos en el entonces Parque Bolognesi, hoy Parque Duhamel. Ese día se reunieron los señores Lino Linares, Edilberto Gallegos, José Giraldez, Víctor Ballón, Genaro Ortiz, Luis Chacaltana, Angel García, Ricardo López, Pedro Grados, Domingo Guillén, Fanastino Carpio, Carlos Black, Benjamín Vergaray, Mariano Laguna, Octavio Huerta, Juan de la Vega, y otros y decidieron crear el "Juventud Melgar" (años después cambiaría su nombre al actual) para la práctica del fútbol.
En el año de 1919, el FBC Melgar viaja por primera vez a la ciudad de Lima para participar en un torneo amistoso. En 1930 el equipo realiza una gira por Chile lo que constituiría su primera participación internacional.
Durante su historia, el Club Melgar, pasó por diversas crisis económicas, corriendo el riesgo de desaparecer varias veces. Sin embargo, el trabajo conjunto de sus socios hiciero que el club se mantuviera activo, albergándose en locales de distintas instituciones.
En 1966, el FBC Melgar fue invitado por la Asociación de Fútbol Peruano para intervenir en el primer Campeonato de Fútbol Descentralizado. El equipo del FBC Melgar debutó en ese campeonato Descentralizado en la Ciudad de Lima frente al Defensor Lima, el recordado equipo de los "carasucias de Breña". El resultado final de ese partido fue de un gol a cero favorable al equipo rojinegro del FBC Melgar, gol anotado por el centro delantero arequipeño Pedro Huamán.
Para ésta participación el equipo rojinegro contó como entrenador al ya fallecido Gilberto Dos Santos (brasileño) y su plantilla la formaban los siguientes jugadores: Rolando Farfán Gonzales (arquero), Carlos Bermejo Cárdenas, Armando Palacios Escalante (capitán), Elard Delgado Tapia y Alfredo Salinas Urday (defensas); Eduardo Avila Gárate, y Manuel "Donal" Ponce (mediocampistas) Raúl Ruiz, Eduardo "Patato" Márquez Obando, Pedro Huamán y Hugo "Gusano" Paredes (delanteros). También alternaron durante el campeonato los jugdores: Martinez (Arquero),Raúl Rossel Ochoa, Jaime Soto Castro, Mario Cuadros Rodríguez, Jorge Cuadros Rodríguez, Oscar Márquez Obando, Julio Cossio, Jaime Pizelli y los jugadores brasileños Puglia y Oliveira.
Al final de ese campeonato, el equipo ocupó la octava colocación de un total de 14 equipos, y debido a las bases del campeonato tuvo que descender.
Luego de su sexta participación en la Final de la Copa Perú, el año de 1971 logra una vez más su Ingreso al Fútbol Profesional Peruano, en el Estadio Nacional José Diaz frente al CNI de Iquitos. Un gol de Luis Ponce Arroé en el minuto 43 del segundo tiempo permitió el empate de uno a uno y la conquista de la Copa Perú por parte del FBC Melgar que, de esa manera, regresaba a la máxima división.
En el año de 1981 consigue el Título de Campeón del Fútbol Profesional Peruano, siendo el segundo equipo del interior del país en obtenerlo (el primero fue el Club Unión Huaral) y, por ende, su primera participación en la Copa Libertadores de América. Quedó eliminado en primera fase, tras ocupar, con 8 puntos la segunda colocación del grupo tras el Olimpia de Paraguay.
El año de 1983 consiguió el subcampeonato del Fútbol Profesional Peruano y su segunda participación el la Copa Libertadores de América.
Su participación internacional fueron 2 en la Copa Libertadores: 1982 y 1984; y una en la Copa Conmebol: 1998.
El técnico paraguayo Gustavo Bobadilla rechazó que la dirigencia del FBC Melgar quiera sacarlo. Por el contrario, dijo que prolongarán su estadía en Arequipa.
